南京土木建筑学会成立至今已有57年，它是由原中国建筑学会南京分会和原中国土木工程学会南京分会于1961年11月20日合并成立的。
原中国建筑学会南京分会是由我国国际著名建筑师杨延宝、刘敦桢等6名著名教授于1952年10月发起筹备，1953年12月27日在南京召开第一次会员大会正式成立的，当时会员总数仅119人，理事长为刘敦桢。1956年11月18日召开第二次会员大会，刘敦桢教授连任理事长。
原中国土木工程学会南京分会成立于1952年元月，由刘树勋、徐百川等我国著名教授发起成立的，初期会员仅95人，第一届至第三届理事会理事长均为刘树勋，并于1955年12月25日召开第三次会员大会。
1961年11月两个分会合并分别成立了江苏省土木建筑学会 和南京土木建筑学会。合并初期鉴于当时的客观情况，省、 市两个学会领导成员基本上是两块牌子一套班子，仍由刘 树勋和刘敦桢任理事长。
1966年开始“文化大革命”，在长达十年的动乱期间，学 会一切活动皆被迫停止，两会的原始档案全部散失。
1976年由当时任南京市革命委员会基本建设领导小组副组 长的陆先禹同志领头，以行政决定的方法恢复成立了劫后 新一届南京土木建筑学会理事会，1979年改挂在市建工 局，理事长为陆先禹，副理事长有朱村夫、甘锋、陈志松、 唐健行等人。
1984年3月我会召开了“文革”后首届也是建会以来规模最大的第六届会员代表大会，到会代表共240余人，代表南京地区3600余名会员，选举了丁大钧教授为理事长;
第六届至第七届理事长均为丁大钧教授，副理事长：朱村夫、林醒山、黄伟康、叶菊华、韩云乔、唐念慈等人。
第八届会员代表大会(1998.4.23)召开了由选举产生第八届理事会，理事长由黄伟康教授担任，秘书长郑必勇教授、副理事长有朱村夫、宰金珉、韩云乔、叶菊华、李蕾、徐学军、周岚。
第九届会员代表大会(2004.4.20)，选举产生第九 届理事会， 理事长为宰金珉，副理事长:周岚、李爱群、刘松玉、丁宏 伟、杨挺、李蕾、汪晓敏、赵正嘉、韩云乔、 李宁、孙伟民；秘书长为陈德文。名誉理事长为：朱村夫、 黄伟康、叶菊华。
第十届会员代表大会(2010.7.6),选举产生了届理事长为李爱 群教授。副理事长:方 秦、王建国、刘汉龙、刘松玉、孙 伟民、李 蕾、李 宁杨 挺、陈 光、汪晓敏、韩云乔 ；秘 书长顾欣，名誉理事长：朱村夫、叶菊华。
第十一届会员代表大会(2016.3.27)选举产生了第十一届理事长为刘松玉教授。
副理事长：仓慧勤、高玉峰、侯善民、胡明亮、刘伟庆、孟少平、汪杰、韦杰、杨挺、左江；
秘书长：蔡国军;
名誉理事长：王建国、朱村夫、叶菊华、李爱群、韩云乔。
现任理事长为东南大学王景全教授。